茹でたホタルイカの目玉を取り除き、わさび醤油やしょうが醤油 または酢みそなどにつけて食べるのが一般的です。その他、茹でたホタルイカを佃煮や唐揚・南蛮漬けにしたり、 サラダなどに付け加えたりと、いろいろな料理に使えます。